Durante esos viajes se encontró con el Dr. Chujiro Hayashi, un comandante naval en la reserva. El provenía de una familia muy pudiente y educada. Se encontró con el Dr. Usui en el mercado sosteniendo una antorcha y anunciando su conferencia en un templo cercano.
El Dr. Hayashi quedó muy impresionado por la sinceridad y la convicción del Dr. Usui. Cuando éste le pidió que le acompañara en sus viajes, el Dr. Hayashi aceptó. Y viajaron enseñando y curando. Cuando el Dr. Usui falleció, el Dr. Hayashi se convirtió en el líder del Reiki.
El Dr. Hayashi abrió una clínica en Tokyo cerca del Palacio Imperial. Consistía en ocho camas en una habitación grande, y dos practicantes por paciente. Uno trataría la cabeza y el otro estaría a la derecha tratando la zona del estómago, luego ambos tratarían la espalda del paciente. Todo lo que los practicantes trabajaban aquí era en las sanaciones. También solían ir a las casas de la gente enferma a su llamada.
Para ser un practicante de Reiki en esa época uno tenía que ser aceptado por los maestros en la organización Reiki, y segundo tenía que prometer usar el Reiki cada día y hacerse voluntario algunas horas para practicar Reiki regularmente en la clínica.
Se cree que el Dr. Hayashi desarrolló la práctica del tratamiento usando específicas posiciones de las manos sobre el cuerpo. Teniendo una formación militar, y por eso más organizada, el Dr. Hayashi habría preferido un método organizado de tratamiento. Además, un método organizado de emplazamientos manuales permite cubrir todo el cuerpo y sus órganos.
El Dr. Hayashi falleció el martes 10 de Mayo de 1940. Eso fue justo antes de la 2ª Guerra Mundial y estaba claro que Japón entraría en la guerra. Siendo un oficial en la reserva, el Dr. Hayashi sabía que sería llamado al deber y que eso le haría responsable de matar a mucha gente. Eso no lo quería hacer, así que determinó terminar con su vida. Además deseaba, y lo hizo, pasar el liderazgo del Reiki a la Sra. Takata (quizás porque ella no estaría en Japón y así estaría relativamente a salvo y capaz de continuar la práctica).
La Sra. Hawayo Takata nació en Hawai, en Kauai, en Navidades de 1900, de ascendencia japonesa. En los años treinta ella se fue a Japón a visitar a sus familiares, y a informarles de la muerte de su hermana. Mientras estaba allá se puso muy enferma y fue ingresada en un hospital. Los médicos iban a operarla, y mientras la preparaban escuchó una voz diciendo, "No tienes que pasar por esto, hay otra manera". Eventualmente saltó de la camilla preguntando, "¿Hay otra solución?". El médico tenía un pariente que había sido curado de disentería en la clínica del Dr. Hayashi y le sugirió a la Sra. Takata que hablara con su pariente. Este llevó a la Sra. Takata a la clínica y sus tratamientos comenzaron.
Después de ponerse bien, la Sra. Takata quiso aprender esto para sí misma. Sin embargo el Dr. Hayashi no estaba dispuesto a enseñarla, tanto porque era americana como por ser una mujer. Por las buenas artes del médico, la Sra. Takata fue capaz de convencer al Dr. Hayashi de que la instruyera en Reiki. Ese entrenamiento le tomó un año y la puso en lo que nosotros llamaríamos el grado segundo de Reiki (ella podía hacerlo todo excepto entrenar a otros practicantes).
Tras ese año volvió a Hawai. Allí ella aprendió también la lección de que el receptor valorara el recibir los tratamientos. Trató a un primo pero no le cobró, este primo no valoró los tratamientos y no se puso bien. Ella trató a otro pariente y esta vez le cobró, y este pariente permaneció bien. Así la tradición de cobrar por los tratamientos Reiki fue reforzada. continuara
